内科は 島内外からの紹介患者や検診センターからの紹介があります。また、内科全般の救急患者にも24時間対応しています。
消化器班では、食道、胃、小腸、大腸の疾患のほか肝臓、膵臓、胆嚢さらに腹膜疾患など広い領域の病気を扱っています。
循環器班では、狭心症、心筋梗塞などの虚血性心疾患の診断、治療、心不全の治療、不整脈の診断、治療、心臓弁膜症の診断と手術適応の決定です。
呼吸器班では、咳、痰、胸痛、血痰、胸部異常陰などで受診された患者さんに対し、レントゲンやCT,気管支ファイバーなどで肺癌、肺炎、喘息、肺気腫、呼吸不全、肺結核などの診断をつけ治療を行っています。
腎臓糖尿病班では、腎炎（急性、慢性）、ネフローゼ症候群、腎不全（急性、慢性）、膠原病、糖尿病性腎症などの疾患を対象としています。 透析室には、１５台の血液透析装置（内２台は個室）を有しております。
血液班では、鉄欠乏性貧血から白血病などの悪性疾患まで幅広く診療しています。 成人T細胞白血病、悪性リンパ腫や多発性骨髄腫などの腫瘍性疾患や再生不良性貧血、特発性血小板減少性紫斑病などの難治性疾患の患者さんが入院され、抗癌剤治療や免疫抑制療法、モノクロナール抗体療法など最新の治療が行われています。

当院の外科は主に、消化器外科（胃、大腸、肝胆膵）、内分泌外科（乳腺、甲状腺）、胸部外科を扱っています。 脳外科や心臓血管外科は国立長崎医療センターや長崎大学との間に搬送システムができており。必要に応じて紹介しています。
手術は、胃や大腸の癌、肝胆膵疾患、ヘルニア、乳癌等です。 最近の手術の特徴としては大腸癌の手術が増えてきています。また、良性疾患としての胆石症には、手術侵襲の少ない腹腔鏡下手術が標準術式となっています。
今後も五島地区の中核病院の外科として、癌などの悪性疾患はもとより、消化管穿孔やイレウスなどの救急疾患に対する手術など、開業医の先生方との連携を深めながらさらに充実させたいと考えています。

整形外科とは、上肢、下肢、脊椎といった運動器を専門に扱う外科で、対象となる組織は骨、関節、靭帯、筋肉、腱、神経、血管、皮膚と多岐にわたります。 具体的には四肢・脊椎の外傷・スポーツ障害・リウマチ性疾患・変性疾患・腫瘍などがあります。ＣＴ、ＭＲＩ、骨密度測定器、筋電図、サーモグラフィーなどで診断し、治療をおこなっています。 外傷による骨折の手術、関節鏡視手術、クリーンルームを利用した関節外科、手の外傷など切断指の再接着や神経・血管吻合といったマイクロサージャリーも行っています。
また、術後や外傷後のリハビリテーションも充実しており、高いレベルの機能回復をめざしています。

発熱、下痢の一次診療から入院が必要な患者まで幅広くカバーしています。 また、長崎大学の専門医による専門外来、予防接種外来なども行い診療内容の充実に努めています。 この他に、１歳半健診、３歳児健診などの保健業務も行っています。 より高度な診療を行える基幹病院としてだけではなく、地域のかかりつけ医としての機能を併せ持ち、病気の子供を治療するだけに終わらず、地域の子供たちが健康に成長していくための環境作りにも積極的に関わっていきたいと考えています。

泌尿器科は、簡単にいうと“おしっこ”に関わる臓器についての診療科です。 “おしっこ”が出にくい、漏れる、近い、しみる、血が混じるなどの病気（例えば、膀胱炎、前立腺肥大、前立腺炎、頻尿、尿失禁など）から“おしっこ”の通り道にできる癌（腎臓癌、膀胱癌、前立腺癌）の治療まで行っています。 膀胱鏡や画像にて診断後、くすりや手術による治療をしていますが、常勤医は1人のため、手術で２～３人の人手がいるときは長崎大学や他の専門の先生の応援を呼んで極力五島病院で手術をおこなっています。

産科領域では通常分娩から、異常分娩まで幅広く対応しています。 “お産は実家で”ということで島外に出た妊婦さんが五島に帰ってきて分娩するケースがかなりあります。早産の分娩は小児科医の立会いで行ったり、異常妊娠は必要により入院治療を行っています。 ハイリスクの場合は、長崎医療センターへの母体搬送もお願いしています。また、不妊相談にも応じています。
婦人科領域では、子宮癌や卵巣腫瘍の診断治療が主になります。症状があって受診されたり、検診で見つかった患者さんの診断確定後は、手術や抗癌剤治療が行われますが、放射線治療が必要な場合は希望の病院を紹介しています。 また、更年期障害による諸症状に対する治療もおこなっています。

内科全体の手術患者数上位５位までの実績です。

外科では、ヘルニア、胆石に低侵襲手術を行っています。
癌に対する内視鏡手術も導入しております。
放射線治療を含む集学的治療を大学病院とタイアップして行っています。

整形外科では、高齢者の骨折に対する手術（骨接合術）が多くなっています。

泌尿器科は常勤医師１名体制のため、局所麻酔や腰椎麻酔で対応可能な経尿道的手術や透析バスキュラーアクセス関連手術等が主となりますが、必要に応じて大学病院等の基幹病院へ診療応援を招聘し対応しております。

消化器内科では、結腸ポリープ切除術、総胆管結石等に対する内視鏡治療、早期胃癌に対する内視鏡的粘膜下層剥離術などの他、消化管出血に対する緊急消化管止血術など、多岐に渡る消化管疾患治療を施行しています。

循環器内科では、カテーテルによる虚血性心疾患の診断、治療、徐脈性不整脈に対するペースメーカー植込みを中心に行っています。